لقصر النمو أسباب كثيرة جدا إلا أن أكثر من 95% سبب وراثي عائلي. وحالات قصر النمو المرضية محدودة جدا وأسبابها الرئيسية نقص إفرازات هرمون النمو أو الأمراض المزمنة المستعصية كقصور القلب والكلى.. ولعل متابعة نمو الطفل بشكل دوري في عيادة طب الأطفال هو الحل الأمثل للتمييز بين الحالة الوراثية / زيادة أكثر من 4 سم بالعام / والحالة المرضية التي تستدعي دراسة مخبرية.
