وقع الرئيس عبد الفتاح السيسي قانون رقم 25 لسنة 2018 بإنشاء المجلس الأعلى لمواجهة الإرهاب والتطرف، وذلك بعد إقرار مجلس النواب له.
وينص القانون على ان المجلس يهدف إلى حشد الطاقات المؤسسية والمجتمعية لمكافحة الارهاب بجميع صوره وأشكاله، وتعقب مصادر تمويله والحد من أسبابه ومعالجة آثاره، ويتمتع المجلس بالشخصية الاعتبارية والاستقلال الفني والمالي والاداري في ممارسة مهامه وأنشطته واختصاصاته.
ويحل المجلس المنشأ وفق أحكام هذا القانون محل المجلس القومي لمواجهة الإرهاب والتطرف المنشأ بقرار رئيس الجمهورية رقم 355 لسنة 2017 وتئول اليه جميع حقوقه ويتحمل بجميع التزاماته.
ويشكل المجلس برئاسة رئيس الجمهورية وعضوية كل من رئيس مجلس النواب ورئيس مجلس الوزراء وشيخ الأزهر وبابا الاسكندرية ووزراء الدفاع والاوقاف والشباب والرياضة والتضامن الاجتماعي والخارجية والداخلية والاتصالات وتكنولوجيا المعلومات والعدل والتعليم والتعليم العالي ورئيس جهاز المخابرات ورئيس هيئة الرقابة الادارية.
وينعقد المجلس بدعوة من رئيسه مرة كل شهرين وكلما دعت الحاجة الى ذلك.